그러나 2013년 당시 신림선 학내 연장 사업은 800억에 달하는 사업비 분담을 두고 서울시와 서울대가 의견 차이를 보이면서 좌초됐다. 당시 ‘경전철 민간투자사업 업무처리지침’(국토해양부훈령 제812호)에 의하면 전체 경전철 사업비는 △민간 사업비 50% 이상 △인근지역 개발 부담금 20% 이상 △국고 지원 12% 이내 △서울시 지방비 18%로 마련한다. 그러나 서울시는 민간 사업비 50%를 제외한 400억을 연장안의 수혜자인 서울대가 부담할 것을 요구했고 서울대는 사업비의 50%가 아닌 20%를 부담할 것을 고수하면서 둘의 입장 차는 좁혀지지 못했다.

교착 상태를 겪던 신림선 학내 연장 사업은 2016년 일시적으로 재논의됐다. 당시 서울시의회에서 신림선 차량 기지를 기존 계획상의 보라매 공원이 아닌 새로운 장소로 변경해야 한다는 의견이 제기되면서 서울시가 서울대 대운동장을 차량 기지 후보지로 물색한 것이다. 2014년부터 2016년까지 협력부처장으로 재직한 김재영 교수(건설환경공학부)는 “대운동장 지하를 개발해서 가장 저층부터 경전철 차고지, 주차장, 실내스포츠와 문화공간으로 활용하고 최상 지상부는 운동장으로 복원하는 것이 본부 구상이었다”라고 밝혔다. 그러나 서울시에서 결국 신림선 차량 기지를 서울대 대운동장이 아닌 보라매 공원으로 확정하면서 신림선 학내 연장은 재차 흐지부지됐다. 2016년경 협력부처장으로 부임했던 한규섭 교수(언론정보학과)는 “서울시가 먼저 차량 기지와 관련해 본부에 문의해왔고, 이후 본부는 서울시 관계자들과 협상하려 했었으나 결국 무산됐다”라고 회고했다.